Covid-19 : Trop tard pour découvrir ses origines biologiques ? 🔓

L'institut chinois a Wuhan d'où est parti la pandémie mondiale
L’accès aux donnĂ©es pour les membres de l’OMS n’est pas toujours Ă©vident, mĂŞme dans le cade de l’enquĂŞte sur les origines du Covid (Institut de virologie de Wuhan, en fĂ©vrier 2021). Hector Retamal / AFP

Enigme

Le SARS-CoV-2, virus du Covid-19, a engendrĂ© la plus grande pandĂ©mie de ces cent dernières annĂ©es… Comprendre ses origines est donc crucial pour Ă©lucider ce qui s’est passĂ© fin 2019 – et se prĂ©parer Ă  la prochaine pandĂ©mie virale. Les Ă©tudes de ce type prennent du temps, demandent de l’organisation et de la coopĂ©ration. Elles doivent de surcroĂ®t ĂŞtre guidĂ©es par des principes scientifiques, et non par des motivations politiques ou de la posture. Or, pour diverses raisons, l’enquĂŞte en cours sur les origines du SARS-CoV-2 a dĂ©jĂ  pris trop de temps : les premiers cas ont Ă©tĂ© dĂ©clarĂ©s Ă  Wuhan, en Chine, en dĂ©cembre 2019, soit voici plus de 20 mois…

Une course contre la montre

Par Dominic Dwyer*


La belle lettre C sur leglob

Comme l’ont rapportĂ© diffĂ©rents mĂ©dias, le 24 aoĂ»t dernier les agences de renseignement Ă©tats-uniennes ont transmis au prĂ©sident Joe Biden le rĂ©sultat de leur recherche sur l’émergence de l’épidĂ©mie. [Un rĂ©sumĂ© de ces travaux Ă©tait dĂ©classifiĂ© et rendu public quelques jours plus tard, NDLR]. Selon un compte-rendu prĂ©liminaire publiĂ© dans le New York Times, l’enquĂŞte ne permet pas encore de dĂ©terminer si la propagation du virus a fait suite Ă  un accident de laboratoire ou a procĂ©dĂ© d’une Ă©mergence naturelle impliquant un passage de l’animal Ă  l’être humain.

Si l’Ă©ventualitĂ© d’une fuite en laboratoire demeure une piste Ă  explorer (Ă  condition de parvenir Ă  l’étayer scientifiquement), elle ne doit pas dĂ©tourner l’attention de l’autre hypothèse qui, si l’on se base sur les donnĂ©es actuellement disponibles, devrait mobiliser l’essentiel de notre Ă©nergie… En effet, plus le temps passe, moins les experts seront en capacitĂ© de dĂ©terminer les origines biologiques du virus.


Vue aérienne du P4 du campus de virologie de Wuhan
L’hypothèse de l’accident de laboratoire reste très populaire dans les mĂ©dias. Ce n’est pourtant pas la plus Ă©tayĂ©e scientifiquement (laboratoire P4 de Wuhan, ici en 2020). Hector Retamal/AFP

Six recommandations pour la suite de l’enquête


Je fais partie des experts qui sont partis Ă  Wuhan en dĂ©but d’annĂ©e dans le cadre de l’enquĂŞte de l’OMS (Organisation mondiale de la santĂ©) destinĂ©e Ă  faire la lumière sur la question de l’origine du SARS-CoV-2. Nous avons constatĂ© que les preuves disponibles indiquent bien que la pandĂ©mie a dĂ©butĂ© Ă  la suite d’une transmission « zoonotique Â» du virus, c’est-Ă -dire d’un transfert d’un animal Ă  l’être humain.

Notre enquĂŞte a donnĂ© lieu Ă  un rapport, publiĂ© en mars 2021, dans lequel nous formulons plusieurs recommandations concernant les travaux Ă  envisager ensuite. Il est dĂ©sormais urgent de s’atteler Ă  concevoir les Ă©tudes scientifiques qui permettront de les mener Ă  bien.

Le 25 aoĂ»t dernier, avec d’autres rĂ©dacteurs de ce rapport, nous avons publiĂ© un article dans la revue Nature pour plaider en ce sens. Nous sommes en train de perdre un temps prĂ©cieux, qui pourrait ĂŞtre consacrĂ© Ă  approfondir six axes de recherche en vue d’en apprendre davantage sur l’origine du coronavirus. Ces axes, prioritaires selon nous, sont les suivants :

  • Les Ă©tudes de traçabilitĂ© supplĂ©mentaires, basĂ©es sur les rapports initiaux ayant fait Ă©tat de la maladie ;
  • Les enquĂŞtes visant Ă  analyser les anticorps spĂ©cifiques du SARS-CoV-2 dĂ©veloppĂ©s par les malades vivant dans les rĂ©gions oĂą se sont dĂ©clarĂ©s les premiers cas de Covid-19. Ce point est important, car dans de nombreux pays (dont l’Italie, la France, l’Espagne et le Royaume-Uni), les preuves qui auraient permis d’étayer les cas des dĂ©tections prĂ©coces du coronavirus se sont avĂ©rĂ©es non concluantes ;
  • Les enquĂŞtes de traçabilitĂ© menĂ©es dans les communautĂ©s qui entretenaient des relations avec les fermes d’élevage d’animaux sauvages qui fournissaient les marchĂ©s de Wuhanhave rapportaient souvent des preuves non concluantes Ă  la dĂ©tection prĂ©coce du Covid-19
  • Les Ă©tudes destinĂ©es Ă  Ă©valuer les risques reprĂ©sentĂ©s par les potentiels animaux hĂ´tes. Il peut s’agir de l’hĂ´te primaire (tels les chauves-souris), d’hĂ´tes secondaires ou d’animaux qui auraient jouĂ© le rĂ´le d’amplificateurs ;
  • Les analyses dĂ©taillĂ©es des facteurs de risque des flambĂ©es prĂ©coces, oĂą qu’elles se soient produites…
  • Le suivi de toute nouvelle piste crĂ©dible.

Une course contre la montre est engagée


Le temps est un facteur essentiel s’agissant de la faisabilité de certaines de ces études. On sait par exemple que les anticorps anti-SARS-CoV-2 apparaissent ainsi environ une semaine après qu’une personne ait été infectée par le virus et se soit rétablie, ou après avoir été vaccinée.

Mais leur concentration dĂ©croit au fil du temps â€“ analyser des Ă©chantillons prĂ©levĂ©s maintenant chez des personnes qui ont Ă©tĂ© infectĂ©es en dĂ©cembre 2019, voire avant, pourrait s’avĂ©rer plus difficile, et ce problème n’ira pas en s’arrangeant Ă  mesure que le temps va passer.

Se baser sur l’analyse des anticorps présents dans la population générale pour faire la différence entre vaccination, infection naturelle ou infection secondaire (surtout si l’infection initiale a eu lieu en 2019) est également problématique.

Par exemple, après une infection par le virus, une gamme d’anticorps spécifiques du SARS-CoV-2, dirigés contre la protéine Spike ou contre la nucléoprotéine, est détectable pendant des durées variables, à des concentrations variables et selon des capacités de neutralisation du coronavirus variables également.

Dans le cas de la vaccination, selon le vaccin utilisé, il se peut que seuls les anticorps à détecter soient ceux dirigés contre la protéine Spike soient détectés, lesquels diminuent également au fil du temps.

Un consensus international concernant les méthodes de détection utilisées en laboratoire est également nécessaire. Ces derniers mois, les différences entre les protocoles d’analyse employés ont en effet donné lieu à des discussions sur la qualité des données recueillies dans diverses endroits du globe.

Or, parvenir à un accord sur les techniques de laboratoire à mettre en œuvre dans les études sérologiques et génomiques, ainsi que sur l’accès aux échantillons et leur partage (tout en tenant compte les questions de consentement et de respect de la vie privée) prend… du temps.

Et il faut également du temps pour obtenir des financements… Pour toutes ces raisons, le temps est une ressource que nous ne pouvons pas nous permettre de gaspiller.


Les contraintes du terrain


En outre, Ă  Wuhan, de nombreuses fermes d’élevage d’animaux sauvages ont fermĂ© suite Ă  l’épidĂ©mie initiale, gĂ©nĂ©ralement sans aucun contrĂ´le. Avec la dispersion des animaux et des ĂŞtres humains qui en a rĂ©sultĂ©, il est de plus en plus difficile trouver des preuves biologiques chez les uns ou les autres de la propagation prĂ©coce du coronavirus.

Heureusement, certaines analyses peuvent quand même encore être menées. Parmi elles figure notamment l’examen des études de cas initiales, et des études portant sur les donneurs de sang à Wuhan et dans d’autres villes chinoises (ainsi que dans tous les endroits où les génomes viraux ont été détectés précocement).

Il est important d’analyser la progression ou les résultats de ces études menées par des experts locaux qu’internationaux, mais aucun mécanisme permettant ce type de vérification n’a encore été mis en place.


Des techniciens en tenues protectrices travaillent sur des Ă©chantillons dans un laboratoire de Wuhan
De nombreuses analyses peuvent encore ĂŞtre menĂ©es, sur la population, mais aussi sur des Ă©chantillons anciens conservĂ©s (tests dans un laboratoire de Wuhan, aoĂ»t 2021). AFP

Depuis le mois de mars et la publication du rapport de l’OMS, de nouveaux Ă©lĂ©ments sont apparus. Ceux-ci, tout comme les donnĂ©es de notre rapport, ont Ă©tĂ© examinĂ©s par des scientifiques indĂ©pendants. Ces derniers sont arrivĂ©s Ă  des conclusions similaires Ă  celles du document de l’OMS, Ă  savoir :

  • le rĂ©servoir naturel du SARS-CoV-2 n’a pas encore Ă©tĂ© identifiĂ© ;
  • les espèces clĂ©s (en Chine ou ailleurs) pourraient ne pas avoir Ă©tĂ© testĂ©es ;
  • il existe des preuves scientifiques substantielles Ă©tayant l’origine zoonotique de la pandĂ©mie.

Un pas en avant, un pas sur le côté…


Si la possibilitĂ© d’un accident de laboratoire ne peut ĂŞtre totalement Ă©cartĂ©e, elle est hautement improbable, compte tenu des contacts rĂ©pĂ©tĂ©s entre l’ĂŞtre humain et l’animal qui surviennent rĂ©gulièrement dans le cadre du commerce des animaux sauvages.

Pourtant, l’hypothèse du coronavirus échappé d’un laboratoire continue de susciter l’intérêt des médias, en dépit des preuves disponibles… Ces discussions, plus politiques que scientifiques, ralentissent encore la coopération et l’obtention des accords nécessaires pour faire progresser les études requises par la seconde phase du rapport de l’OMS.

L’Organisation mondiale de la santé a demandé la création d’un nouveau comité chargé de superviser les futures études sur les origines du coronavirus SARS-CoV-2. L’initiative est louable, mais elle risque de faire prendre davantage de retard sur le planning envisagé pour lesdites études…


La version originale de cet article a Ă©tĂ© publiĂ©e en anglais, puis dans The Conversation France.

* Dominic Dwyer est Directeur Ă  « Public Health Pathology, NSW Health Pathology, Westmead Hospital and University of Sydney – UniversitĂ© de Sydney


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